(1) остановить скачивание, (2) удалить старый торрент у себя из клиента (старые серии удалять не надо), (3) скачать новый торрент и запустить его у себя в клиенте вместо старого, при этом указать клиенту путь в старую папку куда и должно происходить скачивание новых серий.
Ваш клиент при этом должен произвести хеширование (проверку) старой папки (если не производит сам - помогите ему сделать это), и будет докачивать только те серии которых у вас ещё нет. Старые серии при этом не удаляются, а продолжают раздаваться!